距离鸣人跟随自来也离开村子外出修行已经过去了两年半。时光流逝，修行归来的鸣人与已经成长了的伙伴们再次重逢，并继续朝着“成为火影”的目标而努力着。与此同时，曾经计划捕获九尾妖狐的忍者组织“晓”，也在长时间的沉默后终于开始行…

漩涡博人虽然身为木叶英雄漩涡鸣人的儿子，但博人却并没有因为这样而喜欢父亲，反而一心希望被鸣人否定并有着超越鸣人的想法，于是恳求身为父亲永远对手的宇智波佐助收他为徒，决心写出属于自己的新篇章，让父亲对他另眼相看。

十多年前一只拥有巨大威力的妖兽“九尾妖狐”袭击了木叶忍者村，当时的第四代火影拼尽全力，以自己的生命为代价将“九尾妖狐”封印在了刚出生的鸣人身上。木叶村终于恢复了平静，但村民们却把鸣人当成像“九尾妖狐”那样的怪物看待，所有…

主人公小杰自小在鲸鱼岛长大，与米特阿姨和阿婆相依为命。性格开朗的他，有着能与动物沟通的灵性。因为无父无母，小杰将米特阿姨当作自己的生母爱着。直到9岁那一年，小杰在森林里被一个青年男子搭救。从他口中小杰得知自己的父亲还活着…