《夏目友人帐》的动画版故事计述的是一位因为看得见妖怪而被人类疏远的女子夏目玲子，为了打发寂寞的日子，她向妖怪们发起挑战，并将败在自己手下的妖怪的名字写在一纸契约上，以此做为妖怪们成为自己属下的证据。 玲子的孙子夏目贵志得…

从小就能看见妖怪的少年·夏目贵志，继承了祖母玲子的遗产“友人帐”，与自称保镖的猫咪老师一起，开始将名字返还给被束缚在友人帐中的妖怪。通过与妖怪及与之相关的人们接触，开始摸索自己前进之路的夏目，在与心灵相通的朋友们帮助下，…